当用于对进展期头颈部鱗癌患者，进行初诊分期时，PET在大约20%患者中，能够发现可疑的远处转移或第二原发癌病灶，而这其中超过70%的结果为真阳性。PET对于检出隐匿性淋巴结转移价值有限，因此不适用于这个目的。
18F-FDG PET是被广泛接受的应用之一，是对治疗后的头颈部鳞癌患者是否复发进行评估。许多研究都认为，PET对检出复发癌病灶敏感 性很高（84%〜100%），而特异性中等（61%〜93%）。一项较大规模的，包括了143例患者的研究在外科手术（64%）、放疗（97%）或化疗（65%）之后，进行18F-FDGPET检查，PET的总体敏感性和特异性分别为96%和72%。
约翰霍普金斯医院转诊领域认为当分别从局部、区域和远处的角度，评价18F-FDG PET的效能时，其对区域和远处病变的特异性较高，均为95%；而由于存在假阳性，对局部病变的特异性较低，为79%。假阳性的结果常常由治疗相关影响、炎症、感染或近期的活检引起的。